ภัยน้ำท่วมญี่ปุ่น ส่งผลกระทบให้ธุรกิจหลายรายเร่งหยุดการทำงานของโรงงานและอพยพพนักงานออกจากพื้นที่ โดยในช่วงเช้าวันที่ 6 กรกฎาคม เครือข่ายการขนส่งภายในตัวเมือง เช่น ที่จังหวัดโอซาก้า นั้นยังสามารถทำงานได้ ทำให้หลายโรงงานดำเนินการได้ตามปกติ อย่างไรก็ตาม ในพื้นที่ซึ่งอยู่ห่างจากตัวเมืองออกมานั้นได้รับผลกระทบจากการหยุดให้บริการของทางด่วนและรถไฟ ซึ่งเมื่อคำนึงถึงการขาดแคลนซัพพลายและความปลอดภัยของพนักงานแล้ว ส่งผลให้ในช่วงบ่ายวันที่ 6 มีบริษัที่ประกาศหยุดงานเพิ่มเป็นจำนวนมาก

โคลนถล่มที่เมืองคาโมงาวะ (แขวงซะเกียว จังหวัดเกียวโต)

คืนวันที่ 6 กรกฎาคม Daihatsu ประกาศหยุดการทำงานของ Ikeda Plant (เมืองอิเคดะ จังหวัดโอซาก้า) ซึ่งเป็นโรงงานหลัก โรงงานหมายเลข 2 ของ Shiga Plant (เมืองริวโอ จังหวัดชิงะ) และ Oita Plant (เมืองนางะซึ จังหวัดโออิตะ) Kurume Plant (เมืองคุรุเมะ จังหวัดฟุกุโอกะ) ของ Daihatsu Motor Kyushu สืบเนื่องจากการขาดแคลนชิ้นส่วนซึ่งเป็นผลจากการงดให้บริการทางด่วนในพื้นที่ทางตะวันตกของญี่ปุ่น และให้พนักงานทั้งหมดเลิกงานในเวลา 17:00 น. รวมถึงยกเลิกกำหนดการทำงานของ Ikeda Plant และ Kyoto Plant (เมืองโอยามาซากิ จังหวัดเกียวโต) ที่เดิมทีวางแผนให้มีการทำงานเฉพาะช่วงกลางวันในวันที่ 7 กรกฎาคม

ทางด้าน Mazda คาดการณ์ว่าจะได้รับผลกระทบจากการซัพพลายจนทำให้ทำงานได้ยาก จึงประกาศให้สาขาหลัก (เมืองฟุชู จังหวัดฮิโรชิมะ) และสาขาโฮฟุ (เมืองโอฟุ จังหวัดยามากุจิ) ซึ่งเป็นกำลังผลิตหลักของบริษัทหยุดงานในวันที่ 7 กรกฎาคม และดำเนินงานทั้งช่วงกลางวันและกลางคืนในวันที่ 6 อย่างไรก็ตาม เนื่องจากจำนวนเที่ยวรถที่ลดลง จึงให้พนักงานในแผนกที่ไม่เกี่ยวข้องเลิกงานก่อนเวลา

ส่วน Mitsubishi Electric ได้ประกาศให้ Kyoto Works (เมืองนากาโอกะเคียว จังหวัดเกียวโต) ซึ่งรับผิดชอบในการผลิตโทรทัศน์ LCD Air Conditioning & Refrigeration Systems Works (เมืองวาคายามะ) ที่รับผิดชอบการผลิตเครื่องปรับอากาศ และโรงงานอื่นอีก 2 แห่งในจังหวัดเฮียวโงะเมื่อช่วงเช้าบ่ายของวันที่ 6 ซึ่งประสบความสำเร็จในการรักษาความปลอดภัยของพนักงานไม่ให้มีผู้ได้รับบาดเจ็บจากการที่มีน้ำหลากเข้ามาในโรงงาน

อีกรายหนึ่งคือ Tsubakimoto Chain ซึ่งได้ประกาศหยุดงานที่ Kyotanabe Plant (เมืองเคียวทานาเบะ จังหวัดเกียวโต) และ Nagaokakyo Plant (เมืองนากาโอกะเคียว จังหวัดเกียวโต) ตั้งแต่ช่วงบ่ายวันที่ 6 เพื่อความปลอดภัยของพนักงาน

ส่วนทางด้าน SME รายต่าง ๆ เองก็ได้รับผลกระทบไม่แพ้กัน เช่น IKEGI PLASTICS (เมืองทาวาระโมโตะ จังหวัดนาระ) ที่ประกาศหยุดงานโรงงานสาขาหลักซึ่งรับผิดชอบงานขึ้นรูป และโรงงานหมายเลข 2 ตั้งแต่ช่วงบ่ายวันที่ 6 เพื่อให้พนักงานกลับบ้านก่อนเวลา